年末調整しないとどうなる？罰則の有無や忘れた時の対処法

「年末調整の書類を出し忘れた」「しないと罰則があるの？」と不安に感じていませんか。
結論から言うと、年末調整をしなくても直接的な罰則はありませんが、本来戻ってくるはずの所得税の還付金が受け取れず、翌年の住民税が高くなるなど、金銭的な損をする可能性が高いです。
この記事では、年末調整をしないとどうなるのかという具体的なデメリットや、忘れてしまった場合でも損をしないための確定申告・還付申告の手順を分かりやすく解説します。
最後まで読めば、今からあなたが取るべき正しい対処法が明確に分かります。

1. 年末調整の基本：目的と確定申告との違い

年末調整は、会社員や公務員などの給与所得者にとって非常に重要な手続きです。
しかし、「毎年なんとなく書類を提出しているけれど、実はよくわかっていない」という方も多いのではないでしょうか。
この章では、年末調整の基本的な目的や仕組み、そして混同されがちな確定申告との違いについて、わかりやすく解説します。

1.1 なぜ年末調整が必要なのか？

年末調整の最も大きな目的は、毎月の給与から天引き（源泉徴収）されてきた所得税の1年間の合計額と、その年に納めるべき正しい所得税額（年税額）との差額を精算することです。
会社員の場合、毎月の給与や賞与から所得税が天引きされていますが、この金額はあくまで概算です。

そのため、1年間の給与総額が確定する年末のタイミングで、扶養家族の状況や生命保険料の支払いといった個人の事情を反映して正しい税額を計算し直し、過不足を調整する必要があります。
これが年末調整です。

この手続きにより、源泉徴収された金額が本来納めるべき税額より多ければ、その差額が還付金として戻ってきます。
逆に少なければ、追加で徴収されることになります。
多くの給与所得者は、年末調整を行うことで納税が完了するため、原則として個人で確定申告を行う手間が省けるという大きなメリットがあります。

年末調整では、以下のような各種控除が適用されることで、税金の負担が軽減されます。

これらの控除を正しく申告することで、課税対象となる所得を減らし、結果的に納める税金を少なくすることができます。

1.2 確定申告との決定的な違い

年末調整と確定申告は、どちらも1年間の所得に対する税額を確定させる手続きという点では共通していますが、その目的や対象者、手続きの方法に明確な違いがあります。

年末調整は、会社が従業員に代わって所得税の過不足を精算する手続きです。
これに対し、確定申告は、納税者本人が自らの所得とそれに対する税額を計算し、税務署に申告・納税する手続きを指します。
つまり、手続きを行う主体が会社なのか個人なのかが決定的な違いです。

両者の主な違いを以下の表にまとめました。

会社員であっても、副業の所得が20万円を超える場合や、医療費控除を受けたい場合、住宅ローンを組んだ初年度など、年末調整だけでは手続きが完了しないケースでは、別途確定申告が必要になります。
年末調整は、いわば会社員のための簡易的な税額確定手続きと考えると理解しやすいでしょう。

2. 年末調整をしないと起こる5つの問題点

年末調整は、会社員にとって1年間の所得税を精算するための重要な手続きです。
もし年末調整をしなかった場合、単に「忘れてしまった」では済まされない、金銭的にも手続き的にも大きな問題が生じる可能性があります。
具体的には、払いすぎた税金が戻ってこない、翌年の住民税が高くなる、確定申告の手間が増えるといった問題が発生します。
ここでは、年末調整をしないことで起こりうる5つの具体的な問題点を詳しく解説します。

2.1 本来戻ってくるはずの税金（還付金）を失う

毎月の給与から天引きされている所得税（源泉徴収税額）は、あくまで概算の金額です。
そのため、年間の給与総額が確定した段階で計算し直すと、本来納めるべき税額よりも多く支払っているケースがほとんどです。
年末調整は、この払いすぎた税金（過払い分）を精算し、還付金として受け取るための手続きです。

年末調整を行わないと、生命保険料控除、地震保険料控除、扶養控除、あるいは2年目以降の住宅ローン控除といった、各種控除が適用されません。
これらの控除が適用されないと、課税対象となる所得が減らないため、結果的に払いすぎた税金が戻ってこず、大きな損をしてしまうことになります。
人によっては、数万円から数十万円の還付金を受け取れなくなる可能性もあります。

2.2 翌年の住民税の負担が増える可能性がある

住民税は、年末調整の対象ではありませんが、その税額は前年の所得を基に計算されます。
年末調整で申告すべき扶養控除や社会保険料控除、生命保険料控除などが適用されないと、課税所得金額が本来よりも高い金額で市区町村に報告されてしまいます。
その結果、翌年6月から徴収される住民税額が、本来よりも高くなってしまう可能性があるのです。
一度決定された住民税額を後から修正するには、別途手続きが必要となり手間がかかります。

2.3 自分で確定申告をする手間がかかる

多くの会社員が自分で確定申告をする必要がないのは、会社が年末調整を行ってくれるためです。
年末調整をしなかった場合、払いすぎた税金を取り戻したり、正しい税額を納めたりするためには、自分自身で確定申告をしなければなりません。

確定申告を行うには、源泉徴収票や各種控除証明書などの必要書類を揃え、自分で申告書を作成し、原則として翌年の2月16日から3月15日までの期間内に税務署へ提出する必要があります。
会社に書類を提出するだけで完了する年末調整に比べ、確定申告は非常に手間と時間がかかる作業です。

2.3.1 確定申告義務を怠ると加算税などの罰則も

年末調整をせず、さらに確定申告の義務があるにもかかわらず期限内に申告しなかった場合、「無申告」とみなされ、本来納めるべき税金に加えてペナルティとして重い税金が課される可能性があります。
確定申告を期限までに行わなかった場合、以下のようなペナルティが課せられます。

これらの追徴課税は、本来支払う必要のないお金であり、大きな金銭的損失につながります。

2.4 課税証明書などの公的書類がすぐに発行されない

所得証明書や課税証明書といった公的な証明書は、市区町村が年末調整や確定申告で報告された所得情報に基づいて発行します。
年末調整が行われないと、あなたの所得情報が市区町村へ正しく連携されず、これらの証明書の発行が遅れたり、すぐに発行できなかったりする場合があります。

これらの証明書は、住宅ローンの審査、賃貸契約、子どもの保育園の入園手続き、奨学金の申請など、生活の様々な場面で必要となります。
いざという時に証明書がすぐに取得できないと、手続きが滞ってしまう可能性があります。

2.5 会社の経理担当者に迷惑をかける

従業員の年末調整を行うことは、所得税法で定められた会社の義務です。
従業員が必要な書類を提出しないと、経理や人事の担当者は何度も催促する必要があり、担当者の業務負担を増やすことになります。
また、会社全体の年末調整スケジュールに遅れが生じ、税務署への法定調書の提出といった会社の義務の履行にも影響を及ぼす可能性があります。
適切な手続きに協力しないことで、会社からの信頼を損なうことにもつながりかねません。

3. 自分が年末調整の対象か確認しよう

年末調整は、会社員や公務員などの給与所得者であれば誰もが必要な手続きだと思われがちですが、実はすべての人が対象になるわけではありません。
ご自身が年末調整の対象者なのか、それとも対象外で確定申告が必要なのかを正しく理解しておくことが重要です。
ここでは、年末調整の対象になる人とならない人の具体的な条件について詳しく解説します。

3.1 対象となる給与所得者の条件

原則として、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出しており、その年の最後の給与の支払いを受ける日までに在籍している人が年末調整の対象となります。
正社員だけでなく、パートやアルバイトといった雇用形態にかかわらず、以下の条件に当てはまる方が該当します。

• 1年を通じて同じ勤務先に勤めている人
• 年の途中で就職し、年末まで同じ勤務先に勤めている人
• 年の途中で海外の支店などから転勤し、年末まで国内の勤務先に勤めている人

また、年の途中で退職した場合でも、死亡によって退職したケースや、著しい心身の障害によって退職し年内の再就職が見込めないケース、12月分の給与を受け取った後に退職したケースなど、特定の条件下では年末調整の対象となります。

3.2 自分で確定申告が必要な対象外のケース

一方で、特定の条件に当てはまる場合は年末調整の対象外となり、ご自身で確定申告を行う必要があります。
主なケースは以下の通りです。

3.2.1 年収2,000万円を超える場合

その年の給与収入の総額が2,000万円を超える人は、年末調整の対象にはなりません。
これは所得税法で定められており、高額所得者は医療費控除や寄附金控除を適用するケースが多く、年末調整では対応できないため、自身で確定申告を行うこととされています。
会社からは年末調整が行われていない源泉徴収票が交付されるので、それをもとに確定申告の手続きを進める必要があります。

3.2.2 副業の所得が20万円を超える場合

主たる給与を一つの会社から受け取っている場合でも、副業による所得が年間で20万円を超える場合は確定申告が必要です。
ここでいう「所得」とは、収入から必要経費を差し引いた金額を指します。
例えば、フリーランスとしての業務委託であれば事業所得や雑所得となります。

ただし、副業がアルバイトやパートの場合は「給与所得」となり、原則として経費は認められません。
そのため、給与の「収入」金額が20万円を超える場合に確定申告が必要となります。
なお、2か所以上の会社から給与を受け取っている場合、年末調整は主たる給与の支払者である1社でしか行えません。
従たる勤務先の給与収入と、その他の所得の合計が20万円を超える場合は、確定申告が必要になるので注意しましょう。

3.2.3 年の途中で退職し、再就職していない場合

その年の途中で会社を退職し、年末までに新しい会社に就職していない場合、年末調整は行われません。
この場合、退職時に会社から受け取った源泉徴収票をもとに、自分で確定申告を行う必要があります。
多くの場合、毎月の給与から天引きされていた所得税は多めに徴収されているため、確定申告をすることで払いすぎていた税金が戻ってくる可能性があります。
この還付申告は、退職した翌年から5年間行うことができます。

もし、年内に再就職した場合は、新しい勤務先に前職の源泉徴収票を提出することで、前職の給与と合算して年末調整を行ってもらえます。

年末調整の対象者と対象外のケースをまとめると、以下のようになります。

4. 状況別：年末調整を忘れた・間に合わなかった時の対応ステップ

年末調整の書類提出を忘れたり、期限に間に合わなかったりした場合でも、適切な対処法を知っていれば慌てる必要はありません。
状況によって対応方法が異なりますので、ご自身のケースに合わせて最適な手続きを進めましょう。
ここでは、3つのステップ別に具体的な対処法を解説します。

4.1 ステップ1：まずは会社の担当者に相談する

まず考えられるのが、会社が定めた年末調整の書類提出期限に遅れてしまったケースです。
この場合、すぐに諦めるのではなく、まずは会社の経理や人事の担当者に提出が遅れた旨を正直に伝え、まだ対応が可能かを確認しましょう。

4.1.1 1月末までなら会社での再調整が可能なことも

会社は、全従業員の年末調整の計算を取りまとめ、翌年の1月31日までに税務署へ給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表などを提出する義務があります。
この法定の提出期限である1月末までであれば、会社側で年末調整の再計算に応じてもらえる可能性があります。

ただし、これはあくまで会社の厚意による対応であり、義務ではありません。
社内での締め切りを過ぎた後の個別対応は、担当者に大きな負担をかけることになります。
そのため、再調整を断られてしまうケースも少なくありません。
いずれにせよ、期限に遅れたことに気づいた時点で、できるだけ早く担当部署に相談することが重要です。

4.2 ステップ2：間に合わなければ自分で確定申告をする

会社の担当者に相談したものの再調整が断られてしまった場合や、年の途中で退職して年末時点でどこにも在籍していない場合など、会社で年末調整が行われなかったケースでは、自分で確定申告を行う必要があります。

4.2.1 源泉徴収票をもらい自分で確定申告を行う

確定申告を行うことで、年末調整で受けられるはずだった所得控除（生命保険料控除や扶養控除など）を適用し、払い過ぎた所得税の還付を受けることができます。
確定申告の手続きには、その年に勤務していた会社から交付される源泉徴収票が必ず必要になります。
手元にない場合は、会社に依頼して必ず発行してもらいましょう。

確定申告と聞くと難しく感じるかもしれませんが、現在は国税庁のウェブサイトにある確定申告書等作成コーナーを利用すれば、画面の案内に従って入力するだけで申告書を作成でき、電子申告で提出まで完結することも可能です。

4.2.2 確定申告の期間と必要なもの

確定申告の期間は、原則として所得があった年の翌年2月16日から3月15日までです。
手続きには以下のものが必要となるため、事前に準備しておきましょう。

4.3 ステップ3：確定申告期限を過ぎたら還付申告をする

年末調整に間に合わず、うっかり確定申告の期限も過ぎてしまったという場合でも、まだ税金を取り戻すチャンスは残されています。
それが還付申告という手続きです。

4.3.1 5年以内なら還付申告で税金を取り戻せる

還付申告とは、払い過ぎた所得税を返してもらうための申告手続きのことです。
給与から天引きされた源泉徴収税額が、本来納めるべき年間の所得税額よりも多い場合に、この手続きを行うことで差額が還付されます。

この還付申告は、対象となる年の翌年1月1日から5年間行うことができます。
通常の確定申告期間とは関係なく、期間内であればいつでも申告が可能です。
また、期限後に申告したことによる延滞税などのペナルティも一切ありません。
過去5年分まで遡って申告できるため、過去に年末調整を忘れた年がないか確認してみるのもよいでしょう。

5. 年末調整で迷いがちなポイント・Q&A

年末調整の時期になると、ご自身の働き方や状況によって「自分の場合はどうなるのだろう？」と様々な疑問が浮かんでくるものです。
ここでは、特に多くの方が迷いがちなポイントについて、具体的なケースを交えながら分かりやすく解説します。

5.1 アルバイトやパートでも対象になる？

はい、アルバイトやパートであっても、一定の条件を満たす場合は年末調整の対象となります。
雇用形態にかかわらず、会社は条件を満たす従業員の年末調整を行う義務があるためです。

原則として、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を勤務先に提出しており、その年の年末まで継続して勤務している人が対象です。
ただし、次のようなケースでは年末調整の対象外となることがあります。

これらに該当しない限り、アルバイトやパートでも会社が年末調整を行うのが原則です。
ご自身の状況がわからない場合は、勤務先の担当者に確認してみましょう。

5.2 2か所以上から給与をもらっている場合は？

2か所以上で働いている、いわゆるダブルワークや副業をしている場合、年末調整は最も給与が多い「主たる給与」を受け取っている1社でのみ行います。
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は1社にしか提出できない決まりになっています。

そのため、勤務先によって以下のような対応の違いが生じます。

主たる勤務先での年末調整だけでは、従たる勤務先の所得が合算されていないため、正しい税額計算が完了していません。
従たる給与の収入が年間20万円を超える場合は、必ず確定申告をして正確な税額を納める必要があります。
20万円以下であれば所得税の確定申告は原則不要ですが、お住まいの市区町村へ住民税の申告は別途必要になる場合があるため注意が必要です。

万が一、誤って2か所で年末調整を行ってしまった場合は、基礎控除などの各種控除が重複して適用されてしまい、本来より納税額が少なくなってしまいます。
この場合は、速やかに自分で確定申告を行い、正しい税額を納め直す必要があります。

5.3 産休や育休で休業中の場合は？

はい、産休・育休中であっても、その年の12月31日時点で会社に在籍していれば年末調整の対象となります。
休業に入る前などにその年少しでも給与収入があった場合は、年末調整を行うことで、毎月の給与から源泉徴収されていた税金が還付される可能性が高いです。

なお、産休・育休中に受け取る以下の手当金や給付金は「非課税所得」となるため、年末調整の計算には含まれません。

• 出産手当金
• 出産育児一時金
• 育児休業給付金

また、産休・育休中は年間の給与収入が減少するため、ご自身の合計所得金額によっては、配偶者が配偶者控除や配偶者特別控除を受けられるようになる場合があります。
その際は、忘れずに配偶者の勤務先で年末調整の手続きをしてもらいましょう。

ご自身が支払った生命保険料控除や地震保険料控除、住宅ローン控除（2年目以降）なども、産休・育休中にかかわらず適用できるため、会社からの案内に従って忘れずに申告書を提出することが大切です。

5.4 会社が年末調整をしてくれない時は？

給与を支払う会社には、原則として従業員の年末調整を行う法的な義務があります。
もし会社が年末調整をしてくれない場合、まずは経理や人事の担当者に理由を確認してみましょう。
設立間もない会社などで、担当者が年末調整の仕組みや必要性を正しく認識していないケースも考えられます。

それでも会社が対応してくれない場合は、以下の対処法を検討してください。

年末調整をしないまま放置すると、払い過ぎた税金が戻ってこないだけでなく、翌年の住民税が本来より高くなってしまうなどの金銭的なデメリットが生じます。
会社が対応してくれない場合でも、泣き寝入りせず、ご自身で源泉徴収票を取得して確定申告を行うなど、適切な手続きを進めましょう。

6. まとめ

年末調整をしないと、本来受け取れるはずの所得税の還付金を失うだけでなく、翌年の住民税の負担が不当に増える可能性があります。
また、自分で確定申告を行う手間がかかり、申告義務があるのに放置すると無申告加算税や延滞税などの罰則を受ける恐れもあるため注意が必要です。

もし年末調整の提出期限に間に合わなかったり忘れてしまったりした場合は、まずは勤務先の担当者に相談しましょう。
会社での対応が難しい場合でも、原則翌年の2月16日から3月15日の間に自分で確定申告を行うか、5年以内に還付申告をすれば払いすぎた税金を取り戻せます。
損をしないためにも、正しい期限内の手続きを心がけましょう。